合理的系统配置，不但能保证短程分子蒸馏器（分子蒸馏）的正常运行，也可以避免不合理的投资。一般来说短程蒸馏器（分子蒸馏）的操作真空要求较高，因此在进入短程蒸馏器（分子蒸馏）之前，要把物料中对短程蒸馏（分子蒸馏）的真空度产生影响的轻组份（不凝性气体，低沸点残留部分）先脱去。实践证明刮板式薄膜蒸发器是合适的预脱装置，选择合适的刮板式薄膜蒸发器能保证短程分子蒸馏器（分子蒸馏）在高真空状态的正常运行。
       短程分子蒸馏器还适合于进行分子蒸馏。分子流从加热面直接到冷凝器表面。分子蒸馏过程可发如下四步：
       1、分子从液相主体向蒸发表面扩散：通常，液相中的扩散速度是控制分子蒸馏速度的主要因素，所以应尽量减薄液层厚度及强化液层的流动。
       2、分子在液层表面上的自由蒸发：蒸发速度随着温度的升高而上升，但分离因素有时却随着温度的升高而降低，所以，应以被加工物质的热稳定性为前提，选择经济合理的蒸馏温度。
       3、分子从蒸发表面向冷凝面飞射：短程分子蒸馏器的蒸气分子从蒸发面向冷凝面飞射的过程中，可能彼此相互碰撞，也可能和残存于两面之间的空气分子发生碰撞。由于蒸发分子远重于空气分子，且大都具有相同的运动方向，所以它们自身碰撞对飞射方向和蒸发速度影响不大。而残气分子在两面间呈杂乱无章的热运动状态，故残气分子数目的多少是影响飞射方向和蒸发速度的主要因素。
       4、分子在冷凝面上冷凝：只要保证冷热两面间有足够的温度差（一般为70~100℃），冷凝表面的形式合理且光滑则认为冷凝步骤可以在瞬间完成，所以选择合理冷凝器的形式相当重要。
       短程分子蒸馏器筒体的长径比L/D通常应该根据物料性质与分离要求控制在3～6范围内，但是还要通过结构设计予以调整，即通过加热器与冷凝器的结构尺寸来决定。筒体须控制圆度与表面粗糙度，以适应刮板运动和成膜的需要。夹套的长度与分段则根据提供能源的途径、内部冷凝器结构以及刮板具体尺寸等参数来确定。当能源为导热油时，夹套内部可以考虑设置导流板，以强化加热器的蒸发传热过程。筒体与上下封头组成密闭空腔。连接处须采用可靠的密封结构，以满足分子蒸馏过程要求的高真空度的严格要求。此外，还要根据短程分子蒸馏器结构需要，在筒体上开设必要的工艺仪表接口、冷却水进出口和蒸出液、蒸余液出口管等。